המשרד הגיש תביעה ייצוגית, פרשת טיפול גמילה מעישון, בשם כ-4,000 מטופלים, אשר קיבלו טיפול חד פעמי לגמילה מעישון בבית החולים בילינסון.
ועדת בדיקה שהקים משרד הבריאות, מצאה כי הטיפול לגמילה מעישון שניתן כאמור בבי"ח בילינסון, היה למעשה טיפול ניסיוני, שניתן בחריגה מתנאי ההיתר וכן בחריגה מכללי האתיקה הבסיסיים.
עוד מצאה ועדת הבדיקה כי הזריקה שניתנה למבקשים להיגמל כללה קוקטייל של שלוש תרופות ובהן חומרים למניעת האטת קצב הלב ותרופה פסיכיאטרית העלולה לגרום להפרעות בכושר השיפוט, כי יעילות הטיפול בחומרים אלו מעולם לא הוכחה וכי לשיעור ההצלחה הגבוה, לו טען ביה"ח, אין כל ביסוס.
בתביעה שהגיש המשרד נטען כי ראוי לאשרה כתובענה ייצוגית משום שהטיפול שניתן בביה"ח פגע בזכות המטופלים לאוטונומיה על גופם באופן המקנה להם זכות להחזר עלות הטיפול מחד, ולפיצוי אחיד על הפגיעה באוטונומיה , מאידך.